Namiko Mitarai
Lektor
Biokompleksitet
Blegdamsvej 17
2100 København Ø
- Udgivet
Protein Localization with Flexible DNA or RNA
Bernhardsson, P. J. S., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 10 feb. 2012, I: PLoS.ONE.. 7, 2, s. e29218Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Disturbance accelerates the transition from low- to high-diversity state in a model ecosystem
Botta, F. & Mitarai, Namiko, 4 feb. 2014, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 89, 2, 022704.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Broad distribution of stick-slip events in slowly sheared granular media: Table-top production of a Gutenberg-Richter-like distribution
Bretz, M., Zaretzki, R., Field, S., Mitarai, Namiko & Nori, F., 2 jun. 2006, I: EPL. 74, 6, s. 1116-1122Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protection of bacteriophage-sensitive Escherichia coli by lysogens
Brown, Stanley, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 2 apr. 2022, I: Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS). 119, 4, e2106005119.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conditional Cooperativity of Toxin - Antitoxin Regulation Can Mediate Bistability between Growth and Dormancy
Cataudella, I., Sneppen, Kim, Gerdes, K. & Mitarai, Namiko, 1 aug. 2013, I: PLoS Computational Biology. 9, 8, e1003174.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conditional Cooperativity in Toxin-Antitoxin Regulation Prevents Random Toxin Activation and Promotes Fast Translational Recovery
Cataudella, I., Trusina, Ala, Sneppen, Kim, Gerdes, K. & Mitarai, Namiko, 11 apr. 2012, I: Nucleic Acids Research. 40, 14, s. 6424-6434Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Motility mediates satellite formation in confined biofilms
Cordero, Mireia, Mitarai, Namiko & Jauffred, Liselotte, 17 aug. 2023, I: ISME Journal. 17, s. 1819-1827 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Information spreading and development of cultural centers
Dybiec, B. M., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 18 maj 2012, I: Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics. 85, 5, s. 056116 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Axelrod model: accepting or discussing
Dybiec, B. M., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 1 okt. 2012, I: European Physical Journal B. Condensed Matter and Complex Systems. 85, 10, s. 357Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modeling rises and falls in money addicted social hierarchies
Dybiec, B., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 2014, I: Physica Scripta. 89, 8, 085002.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Occlusion of the ribosome binding site connects the translational initiation frequency, mRNA stability and premature transcription termination
Eriksen, M., Sneppen, Kim, Pedersen, Steen & Mitarai, Namiko, 14 mar. 2017, I: Frontiers in Microbiology. 8, 7 s., 362.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A growing microcolony can survive and support persistent propagation of virulent phages
Eriksen, R. S., Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 1 jan. 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS). 115, 2, s. 337-342Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The dynamics of phage predation on a microcolony
Eriksen, R. S., Larsen, Frej Andreas Nøhr, Svenningsen, Sine Lo, Sneppen, Kim & Mitarai, Namiko, 2024, I: Biophysical Journal. 123, 2, s. 147-156 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sustainability of spatially distributed bacteria-phage systems
Eriksen, R. S., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 2020, I: Scientific Reports. 10, 1, s. 1-12 3154.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
On Phage Adsorption to Bacterial Chains
Eriksen, R. S., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 3 nov. 2020, I: Biophysical Journal. 119, 9, s. 1896-1904 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deterministic extinction by mixing in cyclically competing species
Feldager, C. W., Mitarai, Namiko & Ohta, H., 20 mar. 2017, I: Physical Review E. 95, 3, 032318.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Valine-Induced Isoleucine Starvation in Escherichia coli K-12 Studied by Spike-In Normalized RNA Sequencing
Gummesson, Bertil, Shah, S. A., Borum, A. S., Fessler, M., Mitarai, Namiko, Sørensen, Michael Askvad & Svenningsen, Sine Lo, 2020, I: Frontiers in Genetics. 11, 17 s., 144.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Theory of invasion extinction dynamics in minimal food webs
Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 12 feb. 2018, I: Physical Review E. 97, 2, 10 s., 022404.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Existence and construction of large stable food webs
Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 8 sep. 2017, I: Physical Review E. 96, 3, 032406.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Toxins, Targets, and Triggers: An Overview of Toxin-Antitoxin Biology
Harms, A., Brodersen, D. E., Mitarai, Namiko & Gerdes, K., 7 jun. 2018, I: Molecular Cell. 70, 5, s. 768-784 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Distinct Survival, Growth Lag, and rRNA Degradation Kinetics during Long-Term Starvation for Carbon or Phosphate
Himeoka, Y., Gummesson, Bertil, Sørensen, Michael Askvad, Svenningsen, Sine Lo & Mitarai, Namiko, 20 apr. 2022, I: mSphere. 7, 3, 12 s., e01006-21.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modeling slow-processing of toxin messenger RNAs in type-I toxin-antitoxin systems: post-segregational killing and noise filtering
Himeoka, Y. & Mitarai, Namiko, mar. 2019, I: Physical Biology. 16, 2, 026001.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Emergence of growth and dormancy from a kinetic model of the Escherichia coli central carbon metabolism
Himeoka, Y. & Mitarai, Namiko, 30 dec. 2022, I: Physical Review Research. 4, 4, 23 s., 043223.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
When to wake up? The optimal waking-up strategies for starvation-induced persistence
Himeoka, Y. & Mitarai, Namiko, 11 feb. 2021, I: PLoS Computational Biology. 17, 2, 21 s., 1008655.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dynamics of bacterial populations under the feast-famine cycles
Himeoka, Y. & Mitarai, Namiko, 27 mar. 2020, I: Physical Review Research. 2, 1, 15 s., 013372.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Food Web Assembly Rules for Generalized Lotka-Volterra Equations
Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, feb. 2016, I: PLoS Computational Biology. 12, 2, e1004727.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phage and bacteria support mutual diversity in a narrowing staircase of coexistence
Härter, Jan Olaf Mirko, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 3 nov. 2014, I: I S M E Journal. 28, 11, s. 2317-2326Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Anomalous fluctuations in sliding motion of cytoskeletal filaments driven by molecular motors: Model simulations
Imafuku, Y., Mitarai, Namiko, Tawada, K. & Nakanishi, H., 7 feb. 2008, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 112, 5, s. 1487-1493Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Loewner driving functions for off-critical percolation clusters
Kondo, Y., Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 2009, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 80, 5, Part 1, s. 050102Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Switching between oscillations and homeostasis in competing negative and positive feedback motifs
Li, W., Krishna, S., Pigolotti, S., Mitarai, Namiko & Jensen, Mogens Høgh, 21 aug. 2012, I: Journal of Theoretical Biology. 307, s. 205-210Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modeling the spatial dynamics of culture spreading in the presence of cultural strongholds
Lizana, G. L., Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 28 jun. 2011, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 83, 6, s. 066116 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
From kill the winner to eliminate the winner in open phage-bacteria systems
Marantos, Anastasios, Mitarai, Namiko & Sneppen, Kim, 8 aug. 2022, I: PLOS Computational Biology. 18, 8, 15 s., e1010400.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Circuit architecture explains functional similarity of bacterial heat shock responses
Masayo, I., Mitarai, Namiko & Trusina, Ala, 1 dec. 2012, I: Physical Biology. 9, 6, s. 066003Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ecosystems with Mutually Exclusive Interactions Self-Organize to a State of High Diversity
Mathiesen, Joachim, Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Trusina, Ala, 25 okt. 2011, I: Physical Review Letters. 107, 18, s. 188101Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Theory for the stability and regulation of epigenetic landscapes
Micheelsen, M. A., Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Dodd, I. B., 4 jun. 2010, I: Physical Biology. 7, 2, s. 026010 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Simple model for wet granular materials with liquid cluster
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 1 dec. 2009, I: EPL. 88, 6, s. 64001Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Efficient degradation and expression prioritization with small RANs
Mitarai, Namiko, Andersson, A. M. C., Krishna, S., Semsey, S. & Sneppen, Kim, 2007, I: Physical Biology. 4, 3, s. 164-171Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Speciation, diversification, and coexistence of sessile species that compete for space
Mitarai, Namiko, Heinsalu, E. & Sneppen, Kim, 12 maj 2014, I: PloS One. 9, 5, s. e96665Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ribosome collisions and Translation efficiency: Optimization by codon usage and mRNA destabilization
Mitarai, Namiko, Sneppen, Kim & Pedersen, Steen, 2008, I: Journal of Molecular Biology. 382, 1, s. 236-245 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Stability analysis of collisional granular flow on a slope
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 30 sep. 2003, I: International Journal of Modern Physics B. 17, 22-24 II, s. 4290-4294 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Convective instability and structure formation in traffic flow
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 2 nov. 2000, I: Journal of the Physical Society of Japan. 69, 11, s. 3752-3761Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dynamic competition between transcription initiation and repression: Role of nonequilibrium steps in cell-to-cell heterogeneity
Mitarai, Namiko, Semsey, S. & Sneppen, Kim, 13 aug. 2015, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 92, 2, 022710.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bagnold scaling, density plateau, and kinetic theory analysis of dense granular flow
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 1 apr. 2005, I: Physical Review Letters. 94, 12, s. 128001 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The generation of promoter-mediated transcriptional noise in bacteria
Mitarai, Namiko, Dodd, I. B., Crooks, M. T. & Sneppen, Kim, 11 jul. 2008, I: PLoS Computational Biology. 4, 7, s. e 10000109Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Simple Interaction Model for Particlly Wet Granular Materials
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 1 feb. 2010, I: A I P Conference Proceedings Series. 1227, s. 214-220Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Granular flow: dry and wet
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 2012, I: European Physical Journal. Special Topics. 204, 1, s. 5-17 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
Erratum: Bagnold scaling, density plateau, and kinetic theory analysis of dense granular flow (Physical Review Letters (2005) 94 (128001))
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 13 jul. 2006, I: Physical Review Letters. 97, 1, 019902.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Stability analysis of optimal velocity model for traffic and granular flow under open boundary condition
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 1 aug. 1999, I: Journal of the Physical Society of Japan. 68, 8, s. 2475-2478Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Velocity correlations in dense granular shear flows: Effects on energy dissipation and normal stress
Mitarai, Namiko & Nakanishi, H., 2007, I: Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics). 75, 3, s. 031305Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Coupled positive and negative feedbacks produce diverse gene expression patterns in colonies
Mitarai, Namiko, Jensen, Mogens Høgh & Semsey, S., 7 apr. 2015, I: mBio (Print). 6, 2, e00059-15 .Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 12071632
Flest downloads
-
1918
downloads
The functional half-life of an mRNA depends on the ribosome spacing in an early coding region
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1475
downloads
Conditional Cooperativity of Toxin - Antitoxin Regulation Can Mediate Bistability between Growth and Dormancy
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
845
downloads
Speciation, diversification, and coexistence of sessile species that compete for space
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet